Công ty cổ phần Hàng hải Đông Đô tiền thân là XNLH Vận tải biển pha sông (VISERITRANS). Ngày 29/04/1995, VISERITRANS chính thức trở thành doanh nghiệp thành viên hạch toán độc lập của Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (VINALINES). Tháng 10/2003, đổi tên thành “Công ty Hàng hải Đông Đô” (DONG DO MARINE CORPORATION).
Sau khi thực hiện cổ phần hóa (năm 2006), công ty chính thức đổi tên thành “Công ty cổ phần Hàng hải Đông Đô” (DONG DO MARINE JOINT STOCK COMPANY).
Công ty cổ phần Hàng Hải Đông Đô chủ yếu hoạt động trong lĩnh vực vận tải biển, vận tải hàng hóa bằng đường bộ và dịch vụ vận tải container. Tuy nhiên, Công ty cũng đã và đang xúc tiến đầu tư sang một số lĩnh vực có nhiều tiềm năng khác như sửa chữa - đóng mới tàu biển, cung ứng lao động thuyền viên, đại lý mua bán hàng hóa, cho thuê kho bãi - văn phòng, kinh doanh nhà hàng khách sạn... Trong đó, hoạt động kinh doanh vận tải biển được coi là hướng kinh doanh chủ đạo và luôn chiếm tỷ trọng trong cơ cấu doanh thu, lợi nhuận của Công ty.
Mặc dù được đánh giá chỉ là một doanh nghiệp có quy mô trung bình so với các đơn vị trong ngành cả về vốn, giá trị tổng doanh thu, quy mô hoạt động, giá trị tổng tài sản và tỷ suất lợi nhuận/vốn, nhưng Công ty cổ phần Hàng Hải Đông Đô đang thực hiện một chính sách đầu tư phát triển linh hoạt, có chiều sâu.
Năm 2007, để nâng cao uy tín kinh doanh trên thị trường quốc tế và chủ động nâng chất lượng quản lý - điều hành đội tàu biển hiện có, Công ty cổ phần Hàng Hải Đông Đô đã được Đăng kiểm Nhật Bản (Class NK)đánh giá, cấp các chứng chỉ phù hợp cho DONG DO MARINE. Đây là một bước tiến quan trọng trong hoạt động quản lý - điều hành của doanh nghiệp, vì trong thực tế không có nhiều chủ tàu Việt Nam làm được như vậy.